河长制的主要目的是让水环境治理的责任落实到人，考核是手段，主要目的还是有效地改善水环境质量。从考核角度，主要考核跨界断面水质，但如何为“河长们”提供管理和治理信息也十分重要。考核时只依赖传统水质指标，不能反映污染性质和危害，更缺乏污染排放源的信息，让河长的管理找不到抓手。

基于水质指纹预警溯源技术和仪器和常规水质监测仪器，融合环境基础信息及污染源信息，建立流域水污染水纹数据库和预警溯源监管系统。系统建成后可对河流水体的水污染进行预警和污染源识别，可为河长制实施提供考核依据，为河长提供治理和管理的决策依据。

主要功能包括：

1) 识别河流水体主要污染来源，并形成水质指纹数据库，强化污染源监管。

2) 建设在线的具有水污染预警和污染来源识别功能的监管系统来强化监管，形成强大的在线监管体系。

3) 识别问题河段，便于河长排查污染责任人，落实污染治理和处罚。

4) 实现“预警-溯源-应对”的自动关联，提高监管效率。